Ngày 01/03/2016, Nhà nước ban hành thông tư 39/2016/TT-BTC sửa đổi và bổ sung một số điều của thông tư số 161/2012/TT-BTC ngày 02 tháng 10 năm 2012 của Bộ Tài chính quy định Chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi ngân sách Nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và thông tư 40/2016/TT-BTC sửa đổi và bổ sung một số điều của thông tư số 113/2008/TT-BTC ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý và kiểm soát cam kết chi ngân sách Nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và một số biểu mẫu kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10 tháng 01 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện kế toán Nhà nước áp dụng cho hệ thống thông tin quản lý Ngân sách và Kho bạc Nhà nước.
Theo đó, MISA đã nắm bắt được thông tin và dự kiến chậm nhất đến 15/4/2016, phần mềm MISA Mimosa.NET 2014 và MISA Bamboo.NET 2015 sẽ cập nhật các thay đổi theo thông tư 39/2016/TT-BTC và thông tư 40/2016/TT-BTC, đáp ứng đầy đủ quy định của Nhà nước.
